Первая группа микроорганизмов, про которые хочется рассказать, это мелкие жгутиковые микроорганизмы. К этому классу относятся растительные и животные жгутиконосцы. Основной их признак - это наличие одного или нескольких жгутиков, выполняющих функцию движения. Питаются бактериями, мелкими органическими частицами ила, растворенными органическими веществами. Являются седиментаторами, осаждая бактерии, формируя слизистые комки и осветляя при этом воду.
Жгутиконосцы развиваются или при высоких нагрузках по органическим веществам, в условиях низкого содержания кислорода в иловой смеси, или в пусковой период сооружений. В стабильном иле группа жгутиконосцев обычно в массе не развивается, а появление их в биоценозе говорит о нарушениях в технологическом режиме очистных, вызывающих распад хлопьев активного ила (дефокуляцию).
Представители Euglena и Chlamydomonas вызывают "цветение" природных водоемов.